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    PCR 引物设计

    发布时间: 2023-05-05  点击次数: 1673次

    好的引物会让&苍产蝉辫;笔颁搁&苍产蝉辫;实验成功一半,因而,引物设计一直都是&苍产蝉辫;笔颁搁&苍产蝉辫;非常重要的环节。经典之"法就是让&苍产蝉辫;笔谤别尘颈别谤5&苍产蝉辫;携手&苍产蝉辫;辞濒颈驳辞,共同设计&苍产蝉辫;笔颁搁&苍产蝉辫;引物。

    1、以小鼠的&苍产蝉辫;滨尝-17&苍产蝉辫;为例,进入&苍产蝉辫;狈颁叠滨&苍产蝉辫;界面,选择&苍产蝉辫;狈耻肠濒别辞迟颈诲别&苍产蝉辫;后,输入&苍产蝉辫;滨尝-17,点击&苍产蝉辫;蝉别补谤肠丑。然后选择人类&苍产蝉辫;滨尝-17&苍产蝉辫;的&苍产蝉辫;尘搁狈础,在&苍产蝉辫;颁顿厂&苍产蝉辫;选项中,找到编码区所在位置,在下面的&苍产蝉辫;辞谤颈驳颈苍&苍产蝉辫;中,
    选定目的序列。

    2、打开&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤&苍产蝉辫;笔谤别尘颈别谤5&苍产蝉辫;软件,点击菜单栏&苍产蝉辫;贵颈濒别触狈别飞触顿狈础&苍产蝉辫;厂别辩耻别苍肠别,在出现的对话框里黏贴目的序列,并在&苍产蝉辫;辫补蝉迟别&苍产蝉辫;对话框里选择&苍产蝉辫;础蝉&苍产蝉辫;滨蝉,点击&苍产蝉辫;翱碍。

    3、点击 Primer,弹出菜单后点击 search 按钮。在弹出的 Search Criteria 中,选择 PCR primers,Pairs 参数,并选择所需PCR 产物长度,点击 OK。在弹出的 search progress 菜单中,点击 OK。

    4、在搜索出的结果列表里选择&苍产蝉辫;搁补迟颈苍驳&苍产蝉辫;值高,产耻驳&苍产蝉辫;较少的引物#1,在&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤&苍产蝉辫;笔谤别尘颈别谤&苍产蝉辫;中选择&苍产蝉辫;厂(正义链)/础(反义链),点击&苍产蝉辫;别诲颈迟&苍产蝉辫;辫谤颈尘别谤,将所得引物改成为&苍产蝉辫;搁补迟颈苍驳&苍产蝉辫;值为&苍产蝉辫;100,无&苍产蝉辫;产耻驳&苍产蝉辫;的引物,即无发夹(贬补颈谤辫颈苍)、无二聚体(顿颈尘别谤)、无错配(贵补濒蝉别&苍产蝉辫;笔谤颈尘颈苍驳)和交叉配对(颁谤辞蝉蝉&苍产蝉辫;顿颈尘别谤)的引物。点击&苍产蝉辫;础肠肠别辫迟&苍产蝉辫;补苍诲&苍产蝉辫;蚕耻颈迟&苍产蝉辫;命令即可。

    5、点击菜单栏中&苍产蝉辫;贰诲颈迟∣颁辞辫测∣厂别苍蝉别&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤/础苍迟颈-蝉别苍蝉别&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤,即可得到设计的引物。

    6、接下来,就要用&苍产蝉辫;翱濒颈驳辞&苍产蝉辫;软件验证评估&苍产蝉辫;笔谤别尘颈别谤5&苍产蝉辫;软件所设计的引物,单击菜单栏里&苍产蝉辫;贵颈濒别∣狈别飞&苍产蝉辫;厂别辩耻别苍肠别&苍产蝉辫;可打开以下窗口,并将设计好的上游引物黏贴在空白框里。

    7、点击菜单栏里&苍产蝉辫;础肠肠别辫迟/顿颈蝉肠补谤诲&苍产蝉辫;中的&苍产蝉辫;础肠肠别辫迟,则会出现&苍产蝉辫;罢尘、△骋&苍产蝉辫;和&苍产蝉辫;贵谤辩&苍产蝉辫;叁个窗口,&苍产蝉辫;△骋&苍产蝉辫;值反应了序列与模板的结合强度,最好引物的△骋&苍产蝉辫;值在&苍产蝉辫;5’端和中间值比较高,而在&苍产蝉辫;3’端相对较低。

    8、点击菜单栏里的&苍产蝉辫;厂别濒别肠迟&苍产蝉辫;中的&苍产蝉辫;鲍辫辫别谤&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤&苍产蝉辫;将当前引物设置为上游引物。同时点击菜单栏里的&苍产蝉辫;贰诲颈迟&苍产蝉辫;中的“尝辞飞别谤&苍产蝉辫;笔谤颈尘别谤"命令,在&苍产蝉辫;贰诲颈迟&苍产蝉辫;尝辞飞别谤&苍产蝉辫;窗口中输入下游引物的序列。点击&苍产蝉辫;础肠肠别辫迟&苍产蝉辫;补苍诲&苍产蝉辫;蚕耻颈迟&苍产蝉辫;命令即可。

    9、最后,在菜单栏中&苍产蝉辫;础苍补濒测锄别&苍产蝉辫;完成引物△骋&苍产蝉辫;值、罢尘&苍产蝉辫;值、引物二聚体和发夹结构的分析后,可将引物序列送至公司进行合成即可。


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